Лікарі використовують МРТ для діагностики захворювань головного мозку та нервової системи; проблеми, що впливають на сухожилля, хрящі, зв’язки та кістковий мозок; запальні захворювання кишечника та інші захворювання шлунково-кишкового тракту; і серцеві проблеми, такі як вроджені вади серця. МРТ також використовується для діагностики раку та моніторингу відповіді на лікування раку та інших захворювань.